Außerdem ist das mit der "Atempause" natürlich nicht komplett wörtlich zu nehmen. Ich habe auch schon Bewerbungen gelesen - und das tut man im Normalfall natürlich nur gedanklich, da lautes Vorlesen in solchen Situationen unter Umständen seltsame Blicke und Gelächter der KollegInnen herausfordern könnte. Der Knackpunkt: man kennt den Satz nicht und ein Komma an dieser Stelle ist schlicht eine Orientierungshilfe in einen unbekannten Satz.
Ich habe mir §78(2) mal angesehen. Der Beispielsatz ist ja ein sehr kurzer. Winston3.14 fragte ja, ob es an die Stelle sollte und meine klare Antwort (mit etwas Erfahrung im (werbe)textlichen Bereich) war: ja. Begründung: es ist ein recht komplexer Satz und eben nicht von der Marke "Ihre Ausgaben(,) wie Fahrt- und Übernachtungskosten(,) werden Ihnen ersetzt."
Natürlich hast du recht, wenn du sagst, dass nicht jede Atempause der gesprochenen Sprache orthografisch mit einem Komma honoriert werden soll/kann/darf. Deshalb haben wir auch von den Kommas in 1. und 2. unisono abgeraten (denn in diesen Fällen machen wir beim Sprechen tatsächlich häufig Atempausen, nicht aber Orientierungspausen beim Lesen). Natürlich ist das Komma optional, denn nichts anderes sagt §78(2). Wir haben aber begründete Argumente angeführt, es trotzdem zu setzen.