Hmm komisches Thema. Ich würde ganz einfach folgendes sagen:
[[[World [Trade]] Center]
Aber das ist eher die semantische Bedeutung. Mit Morphemen ist da nicht viel, da die drei Wörter kaum aus mehr als drei Morphemen bestehen. Höchstens Center ließe sich etymologisch aus zwei Morphemen herleiten. Ansonsten ist die Kompositum-Struktur so wie oben:
Das Zentrum ist "Trade", dazu kommt "World", weil es den Handel näher beschreibt, und dazu wird ein "Center" errichtet.
Das Problem ist nur, dass dort jeder sagen kann, was er will. Genauso gut kann man sagen, dass zuerst das Center da war, wozu denn der Welthandel kam: [[[World [Trade] [[Center]]]
Es gibt auch noch andere Möglichkeiten, man muss selbst entscheiden, was einem am logischsten erscheint. ;) Das ist eben das Ding der disambiguation. (vgl. Ich erschlug einen Elefanten in meinem Pyjama. -> Hatte ich nun oder der Elefant den Pyjama an?)